早在十七世紀上葉，荷屬東印度公司的日誌中即記載有關中國商人以蘭嶼為其前往菲律賓航程中的標誌。同時蘭嶼也以Botol Tabaco等名稱開始出現在一些十六、十七世紀繪製的航海圖中。但漢人對蘭嶼的認識並不多。黃叔璥的「台海使槎錄」是最早有關蘭嶼及其居民有較明確描述的文獻，但也不過寥寥數百言。一般而言，特別是在海、空交通發達之前，蘭嶼是比較孤立的。這種印象一直持續到晚近，許多人對蘭嶼及其居民的刻板印象，仍然是「原始、孤立、未開發」的一個島嶼。

　　恆春縣誌上記載，蘭嶼於清光緒三年(1877)，清廷特派撫墾官周有基、汪喬年等一行廿餘人來此島勘察報告後，正式收入中國版圖，隸屬當時之恆春縣。中日戰爭之後，光緒廿一年(1898)6月2日，依據馬關條約中「台灣及其附屬島嶼」劃歸日本版圖；同年7月8日，日本外務大臣與駐日的西班牙公使協定有關太平洋西部兩國版圖境界的結果，才確定蘭嶼為日本所有；1899年日本拓務大臣高島，下令台灣總督府調查此島；1918年美國商輪 Banjamin Seal 號，在鵝鸞鼻遭遇船難漂到蘭嶼，引發國際爭端、日警加強控制及專家學者來島事各項考察。1945年10月25日台灣光復再劃歸中國所有。1946年1月19日，依照台灣省鄉鎮組織規程，設立紅頭嶼鄉，屬台東縣，鄉公所在南岸之紅頭村。1946年11月24日，省政府以該嶼盛產蝴蝶蘭，始改名為「蘭嶼」。